يخضع المعهد في تنظيمه وسير عمله للقانون عــ98-2409ـدد المؤرخ في 30 نوفمبر 1998. ويعتمد في تسييره على مجلس إدارة ومجلس علمي ومدير عام وكاتب عام. يعتبر المعهد مؤسسة عمومية ذات صبغة إدارية تحت إشراف مؤسسة البحث والتعليم العالي الفلاحي وزارة الفلاحة والموارد المائية والصيد البحري

على المستوى العلمي يسير المعهد على النحو التالي :

4 مخابر