La mission de l'INSTM consiste à:
Sur le plan scientifique
- Mener des programmes de recherche sur contrat dans des domaines liés directement ou indirectement à la mer et à ses ressources: Pêche, Agriculture, Environnement marin, Technologies de la mer, Océanographie, etc.
- Participer aux différents réseaux nationaux, régionaux et internationaux en relation avec la mer.
- Contribuer à résoudre les problèmes liés au développement des activités urbaines et économiques sur le littoral et dans les eaux territoriales
- Transférer son savoir-faire et les résultats de ses recherches aux décideurs et aux professionnels de la mer et aux scientifiques.
- Servir d'instrument d'aide à la décision en vue d'une gestion durable de la mer et de ses ressources.
- Contribuer à la diffusion de la culture marine et à la sensibilisation du public à la protection et à la préservation de la mer et de sa biodiversité.
Contribuer à la formation universitaire
- Encadrement des étudiants en doctorat en master et en projet de fin d'étude et les préparer à la vie professionnelle
Contribuer au développement du tissu économique et social
- Effectuer des études spécifiques à l'intention des investisseurs et fournir l'information technique nécessaire
- Effectuer des analyses de laboratoire dans les spécialités de l'institut dans le cadre des réseaux nationaux
- L'organisation de manifestations scientifiques et techniques pour publier et valoriser les résultats de la recherche et les évalués